中西医结合学科是我校最早获准招收硕士学位研究生的学科，1978年开始招收中西医结合专业硕士研究生，1981年中西医结合基础获硕士学位授予权。经过30多年的建设与发展，学科形成了“针刺调整作用机理研究；中医“证”的生物学基础研究；中西医结合防治情志病生物学基础研究；中药防治代谢与内分泌疾病机制研究；中药抗微生物耐药性研究”等5个主要研究方向。围绕各研究方向，运用中医学基本理论结合现代医学研究，学科点先后承担国家攀登计划、国家自然科学基金、国家中医管理局科研基金、省自然科学基金、省教育厅、卫生厅和合肥市自然科学基金资助课题。为社会培养了一批中西医结合基础研究高水平精英人才，已毕业硕士研究生62人，其中已有18人获正高职称，16人获博士学位，目前有8位毕业生在国外从事科学研究工作。目前，我校的中西医结合学科具有较完备的学科体系，已经形成本科生、硕士生、博士生（联合培养）不同层次的中西医结合人才培养体系。学科现有在校本科生1827人，研究生57人。
2008年1月23日，古天乐太阳娱乐集团tyc493为了新年的收获未雨绸缪、审时度势，牵头召开了中西医结合学科建设座谈会，抢抓机遇，乘势而上。2008年9月中西医结合基础和中西医结合临床学科被批准为安徽省省级重点学科。
中西医结合临床学院以重点学科建设为切入点，充分发挥二级学院在学科建设中的协调和纽带作用，整合校内学科资源，努力构建以研究所为基地，以学科方向为平台，以课题、项目组为功能单位的学科建设新模式，整体提升中西医结合学科的建设水平。正确处理好学科建设与学位点建设，学科建设与研究生教育，学科建设与专业建设的关系，努力发挥三者的相互依存和相互促进作用，建立合理的学科结构和完善的学科体系，不断增强学科的科技创新能力和社会服务功能。2009年经过整合建设，中西医结合学科成为安徽中医学院博士学位授权点建设单位的支撑学科，为我校成功申报新增博士学位授权单位立项建设作出了积极贡献；2010年，中西医结合学科获一级学科硕士学位授权点。
