中西医结合研究所依托中西医结合基础省级重点学科实验室、古天乐太阳娱乐集团tyc493科研实验中心、中西医结合慢性病研究校级重点实验室、中西医结合防治疑难杂病校级重点实验室，拥有细胞生物学研究室、分子生物学研究室、药效评价研究室、形态学研究室、神经生物学研究室、动物行为学研究室、药物成分分析研究室及学术活动室等独立科研平台，面积1000平方米；拥有膜片钳系统、流式细胞仪、超高液相色谱、快速高效蛋白纯化工作站、实时荧光定量PCT仪、生物信号采集与处理系统、荧光显微镜等大仪器设备20台套。为科技创新及高层次人次培养，提供硬件支撑。

中西医结合研究所作为中西医结合学科的重要科研平台，现拥有包括青年岐黄学者、安徽省杰青、安徽省优青在内专兼职科研人员38人；研究所现有高级职称29人，博士学位30人，硕导30人，博导14人；形成了中西医结合防治慢病的机制及转化研究、中西医结合诊疗新技术及转化应用、经典名方与验方的研究及转化3个稳定的研究方向。

各研究方向国内外研究现状及发展趋势：(1) 中西医结合防治慢病的机制及转化研究。基于转化医学思维，聚焦优势病种，将基础医学科学研究思路和临床医学的循证医学思维结合，在中医药理论指导下，结合临床诊治经验，开展中医治未病思想的现代分子生物学和生物信息学研究。近年来，围绕神经退行性疾病、心血管、肿瘤、内分泌等多系统的常见慢病，运用转录组学、蛋白组学、代谢组学等系统生物学技术，开展围绕疾病的基础与临床相结合的转化研究。(2) 中西医结合诊疗新技术及转化应用。重点围绕“新医科”建设目标，发挥跨学科人才的优势，围绕智能影像识别、健康大数据管理、中西医结合诊断治疗新技术开发、精准医学与智能药物研发等领域进行基础与临床的跨学科研究及转化。借助多模态医学影像分析技术、光遗传等现代神经科学技术，开展的多模态磁共振成像分析与多尺度效应机制研究；结合机器学习进一步寻找情绪与胃肠疾病共病的神经影像学辅助诊断；将人工智能和大数据与糖尿病并发症风险预测相结合的数字健康管理研究等领域特色鲜明，为下一步临床转化奠定了基础。(3) 经典名方与验方的研究及转化。一方面基于中医经典名方的整理挖掘，运用分子生物学和生物信息学技术方法，进行经典方及其活性成分防治内分泌、心血管、神经、生殖等系统疾病的效应机制研究，其中：苓桂术甘汤、生脉散、五子衍生丸等经方的转化应用研究成果显著，为经典方的临床转化运用提供科学依据。同时，利用临床循证医学大数据分析处理以及信息挖掘技术，开展名家验方研究及转化，围绕丹蛭降糖胶囊、黄蒲通窍胶囊、新风胶囊、芪归通络颗粒等特色院内制剂的进行深入的临床和基础研究并得到极佳的推广及转化。

近五年，研究所成员主持国家自然科学基金项目40项，省自然科学基金、重点研发项目、省教育厅自然科学重点项目、重大项目在内省级科研项目60余项；共发表高水平论文150余篇，其中SCI收录50篇，一类期刊15篇。